Боевая система

Alpha Protocol дает взять под контроль Торнтона с камерой от третьего лица, давая игроку возможность всегда видеть Тортона и окружающее его пространство. Так как Тортон проходил тренировку в ЦРУ, в распоряжении игрока дано владение огнестрельным оружием, рукопашный бой с элементами кэмпо и технические приспособления.

В дополнении к этому, игрок также зарабатывает очки продвижения, которые могут быть вложены в любой из десяти различных навыков в игре. Эти навыки повышают способность Тортона использовать определенное оружие, а также дают дополнительные способности. Их можно свободно использовать, но они требуют времени на перезарядку.

Диалоги

Как и любая RPG, Alpha Protocol предоставляет возможность взаимодействия с многочисленными персонажами игры. Беседы проиходят в реальном времени, тем самым давая игроку ограниченное время для ответа в ключевых «пунктах решения» диалога (похожая система диалогов была реализована в игре Fahrenheit). Система диалога в игре — известна как «DSS» или система позиции диалога — позволяет игроку выбирать из четырёх различных отношений, или «позиций» в общении с NPC. Каждый NPC будет реагировать по-своему на эти выборы; один персонаж может испугаться агрессивной позиции, а другой может найти её оскорбительной или позёрской.